Kementerian Pengajian Tinggi (Tulisan Jawi: كمنترين ڤڠاجين تيڠڬي) ialah suatu kementerian Malaysia yang wujud antara 27 Mac 2004 dan 14 Mei 2013. Ia wujud hasil rombakan kabinet yang dilakukan oleh Perdana Menteri Malaysia Abdullah bin Ahmad Badawi dengan membahagikan Kementerian Pendidikan Malaysia kepada 2 kementerian iaitu Kementerian Pelajaran Malaysia dan Kementerian Pengajian Tinggi Malaysia. Menteri yang pertama memikul tugas jawatan adalah Datuk Dr. Shafie Mohd Salleh manakala yang terakhir disandang oleh Dato' Seri Mohamed Khaled Nordin. Pada 15 Mei 2013, kementerian ini telah digabungkan semula dengan Kementerian Pelajaran menjadi "Kementerian Pelajaran dan Pengajian Tinggi Malaysia" atau ringkasnya "Kementerian Pelajaran Malaysia" sahaja.[2] Kemudian, nama Kementerian Pendidikan Malaysia diguna pakai semula sebagai pengembalian kepada portfolio asal kementerian yang menggabungkan pengurusan pendidikan sekolah rendah, menengah dan pengajian tinggi.[3]

Berikutan rombakan Kabinet Persekutuan pada 28 Julai 2015 menerusi satu sidang media khas oleh YAB Perdana Menteri, Kementerian Pendidikan Tinggi (KPT) diwujudkan semula dengan rasminya bersesuaian dengan peruntukan Akta yang berkaitan dengan pendidikan tinggi.

Kementerian Pengajian Tinggi Malaysia mula beroperasi di Blok E3, Parcel E, Pusat Perbadanan Kerajaan Persekutuan Putrajaya. Kementerian ini terdiri daripada dua jabatan dan agensi. Jabatan-jabatan di bawah Kementerian Pengajian Tinggi ialah Jabatan Pengurusan IPT (JPIPT) dan Jabatan Pengurusan Politeknik & Kolej Komuniti. JPIPT pula terdiri dari dua sektor pengurusan iaitu Sektor Pengurusan IPTA & Sektor Pengurusan IPTS. Sementara agensi-agensi di bawah Kementerian Pengajian Tinggi ialah LAN, PTPTN,Yayasan TAR dan 20 Institusi Pengajian Tinggi Awam (IPTA) iaitu:

• Universiti Malaya (UM)
• Universiti Sains Malaysia (USM)
• Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM)
• Universiti Putra Malaysia (UPM)
• Universiti Teknologi Malaysia (UTM)
• Universiti Utara Malaysia (UUM)
• Universiti Malaysia Sarawak (UNIMAS)
• Universiti Malaysia Sabah (UMS)
• Universiti Pendidikan Sultan Idris (UPSI)
• Universiti Teknologi MARA (UiTM)
• Universiti Islam Antarabangsa Malaysia (UIAM)
• Universiti Darul Iman Malaysia (UDM)
• Universiti Malaysia Kelantan (UMK)
• Universiti Malaysia Pahang (UMP)
• Universiti Malaysia Perlis (UniMAP)
• Universiti Malaysia Terengganu (UMT)
• Universiti Pertahanan Nasional Malaysia (UPNM)
• Universiti Sains Islam Malaysia (USIM)
• Universiti Teknikal Malaysia Melaka (UTeM)
• Universiti Tun Hussein Onn Malaysia (UTHM)